氫氣發生器只有在需要的時候才產生氫氣，因為其在特定的時間內只產生一定量的氣體，因而可以通過壓力來監控系統是否過載。在系統過載的情況下，氫氣發生器會自動關閉，因而不可能在色譜系統內形成爆炸混合物。當系統發生泄漏，流速高于發生器zui大效率時，系統也將自動關閉，以避免發生危險。由于氣體物質在氫氣中具有較高的擴散常數，另外氫氣本身具有較低的粘度，特別適合于做氣相色譜儀的載氣。安全問題可以通過使用氫氣發生器解決。
氫氣的化學反應性，盡管氫氣作為燃料氣早已用于氣相色譜，但人們對其作為載氣仍心存懷疑。所有氣相色譜的毛細管柱都與色譜儀的進樣器相連，在充滿氫氣的毛細管中，若混入4%的空氣即形成爆炸性混合物。這種情況可以通過使用氫氣發生器代替購買氫氣鋼瓶來避免，現代化的氫氣發生器原理為水的電解，通常采用固體電解質，固體電解質的特點是質子通過其孔徑結構運輸，實現了電解產生的氫氣和氧氣的有效分離。
